Caractérisation

Fort de son expertise en microbiologie, le laboratoire de GERME S.A. est capable de caractériser les microorganismes en fonction de leurs différents caractères morphologiques, biochimiques et métaboliques.

Antibiogrammes

Que l’on considère les microorganismes comme des contaminants indésirables à éviter ou comme des principes actifs essentiels à un procédé biologique, la question de leur sensibilité aux antibiotiques est essentielle. C’est pourquoi GERME S.A. propose la réalisation d’antibiogrammes sur une large gamme d’antibiotiques et antifongiques. Les résultats obtenus sont interprétés sur la base des concentrations critiques des antibiotiques testés afin d’être rendus sous un format facilement exploitable en application clinique : Souche sensible, intermédiaire ou résistante à l’antibiotique testé.

Identification

GERME S.A. dispose du système d’identification BioLog, qui permet d’identifier et de caractériser une large diversité de microorganismes dans les différents environnements existant (contaminants industriels, environnementaux…). Ce système nous a été fourni par la société Alliance Bio Expertise, spécialisée dans les solutions pour les laboratoires de microbiologie.

Plus de 2 600 microorganismes peuvent ainsi être mis en évidence, incluant séparément des bases de données pour les bactéries aérobies (1400), anaérobies (360), levures (270) et champignons filamenteux (710). Il est ainsi possible d’identifier un grand nombre de bactéries et de champignons.

La technologie utilise une microplaque de 96 puits contenant chacun un substrat spécifique selon le type de microorganisme recherché. Lors de l’incubation, si un substrat est métabolisé, le microorganisme libère de l’énergie, captée par un indicateur d’oxydoréduction : le tetrazolium violet. Celui-ci, incolore, est alors transformé en Formazan, de couleur violette. Après inoculation et incubation, la microplaque est placée dans la Microstation pour être lue. Le profil métabolique unique généré par la souche est enregistré et comparé aux centaines de profils déjà enregistrés dans les bases de données BioLog.

En plus des bases de données existantes, il est possible de comparer les profils métaboliques de plusieurs souches entre elles.

Dans le cas où la souche recherchée n’est pas présente dans les bases de données, l’expertise de GERME S.A. permet d’analyser le profil métabolique et si nécessaire de mettre au point des tests spécifiques pour apparenter la souche étudiée aux microorganismes connus et déterminer ses capacités dans les différents domaines d’application des biotechnologies.

Phénotypage

Parmi les nombreuses applications, il est possible de :

• Déterminer les variations de métabolisme dues à une différence génétique par le biais de mutation,
• Étudier et définir les mécanismes de régulation métabolique,
• Comprendre les interactions des lignées cellulaires avec leur environnement,
• Optimiser les conditions de culture cellulaire,
• Vérifier l’effet de médicaments, antibiotiques et autres agents chimiques sur les voies métaboliques,
• Découvrir les conditions de culture cellulaire favorisant ou inhibant la production de certains métabolites (toxines, antibiotiques…) ou antigènes de surface,
• Définir les mécanismes mis en œuvre dans des conditions de culture particulières (hypoxie, hyperoxie…),
• Tester la métabolisation d’un composé spécifique.